IMAMTA memiliki kepengurusan yakni pengurus inti yang terdiri dari ketua umum, sekretaris dan bendahara serta pengurus bidang. Ada empat bidang dalam kepengurusan IMAMTA :
- PSDI (Pengembangan Sumber Daya Internal)
- Kaderisasi
- Humas (Hubungan Masyarakat)
- Kemuslimahan